Desde 1868, este templo es la sede canónica de la Muy Antigua e Ilustre Cofradía de Jesús Nazareno. Su anteriores sedes fueron desde 1577 a 1836, el convento de San Andrés y desde 1836 hasta 1868 el convento de Las Cadenas.
En 1914 se realizan obras en Santa María que consistieron en reforzar las naves laterales del templo. Ya que desde el siglo XVIII cuando se sustituye la techumbre mudéjar por las bóvedas de yeso y caña, empiezan los problemas de ruina en muros y pilares por el gran peso de las bóvedas que soportan estos. Estos pilares y muros se hicieron para soportar el peso inferior que ofrecía el artesonado del siglo XIV.
En el año de 1921 sale por primera vez de Santa María el desfile penitencial del Cristo de la Espina (Cofradía de la Caída) hasta el año 1929. En 1931 se cierra al culto y se realizan obras de consolidación, se atirantan pilares se hacen arcos rebajados en los pilares de las naves de capillas, se descubre una portada mudéjar al lado de la sacristía. En 1934 se vuelve abrir al culto. Tras el saqueo de Santa María en 1936, la imagen antiquísima de Jesús de las Aguas, que desde finales del siglo XIX se veneraba aquí, fue arrastrada con una soga por el claustro y se corto en pedazos con un hacha y se hizo una hoguera con ella para quemar la valiosa sillería del siglo XVI, el retablo de Pedro Machuca, la custodia de Luis XIV, retablos, imágenes, cuadros y las campanas. Solamente se salvó milagrosamente el Cristo de los Cuatro Clavos, Virgen de Guadalupe, (que fue salvada de entre las llamas por una persona desconocida, y cualquiera sabrá en que sitio de la ciudad estará escondida) y el trono del Cristo Yacente. La iglesia en la guerra fue utilizada como cuartel.
En 1941 el escultor Jacinto Higueras realiza la actual imagen Jesús Nazareno venerándose en un altar provisional situado en el lado de la epístola de Santa María. Un año después en 1942, la Cofradía de la Caída que fue fundada en 1904 en el convento de la Concepción, pasando después al de San Miguel, se reorganiza teniendo su nueva sede canónica desde entonces en Santa María. A su vez encargan al escultor Mariano de Benlliure la magnífica imagen de Jesús Caído. La Capilla de la Yedra de Santa María alberga esta imagen para su veneración algunos años. El escultor Amadeo Ruiz Olmos realiza en 1943 para la parroquia de Santa María la Virgen de los Dolores de la Cofradía de Jesús. Llega el año de 1947 y el patrimonio cultural de Santa María se enriquece una vez más. Ahora con el fabuloso grupo escultórico del Santo Entierro obra del genial escultor Francisco Palma Burgos. Este mismo realiza un impresionante y monumental decorado en la capilla de los Carvajales, para albergar en dicha capilla el grupo escultórico de la cofradía del Santo Sepulcro y Santo Entierro de Cristo.
En el año de 1951 se empieza ha restaurar y decorar en Santa María la Capilla de Santiago a cargo de don Francisco Palma Burgos. El 19 de marzo de 1957, la Real Cofradía de la Humildad celebra su Fiesta principal en este templo de Santa María. Realizando desde el mismo, en la tarde del Jueves Santo de 1957, su desfile procesional.
En 1959 se termina la restauración de la antigua capilla de Santiago, patronato de los Orozco, con la realización de un artístico altar con baldaquino realizado por Palma Burgos, tras la restauración, esta capilla alberga las imágenes de la Cofradía de Jesús Nazareno. En este mismo año un hermano de dicha cofradía costea la nueva imagen de la Virgen de los Dolores obra de Palma Burgos vendiéndose la anterior imagen a la localidad de Torreperogil. El 4 de julio de 1954 se celebró la primera Fiesta Principal de la cofradía de la Santa Cena, ya que en este templo se le pensó dar culto a las imágenes de esta cofradía. En 1965 Palma Burgos realiza la nueva imagen del Cristo Yacente para ser colocada en la actual capilla del Cristo Yacente perteneciente a la cofradía del Santo Entierro. En 1967 la Cofradía de la Caída cambia su titular de capilla y lo traslada a la antigua Capilla de San Gregorio venerándose sobre un magnífico trono de plata Meneases (el de la Virgen de la Amargura),. El Martes Santo de 1970, la Cofradía Penitencial del Cristo de la Noche Oscura realiza su Vía crucis procesional desde este templo Mayor de Úbeda..Durante 1977 se celebra en el templo el IV Centenario de la Muy Antigua e Ilustre Cofradía de Jesús Nazareno celebrándose muchos actos emotivos al titular de la Cofradía. En conmemoración a aquellos actos se instaló en la pared lateral derecha de la capilla una bella lápida de cerámica con la inscripción: “Muy Antigua e Ilustre Cofradía de Ntro. Padre Jesús Nazareno – Conmemoración del IV Centenario -1577-1977-Úbeda”.
En 1981 es el VI Centenario de la Aparición de la Virgen de Guadalupe patrona de Úbeda y se celebra diversos actos de conmemoración en la ciudad y a partir del 20 de junio es trasladada a distintos templos de la ciudad. A partir del 9 de Agosto vuelve otra vez al Altar Mayor de Santa María y en el mismo templo se organiza durante la Novena una magna exposición sobre todas las patronas de España y de Centro América inaugurándose el 28 de Agosto. La fiesta principal es televisada por TVE y. es digno de mencionar que el templo de Santa María estaba repleto de feligreses durante la celebración.
En Febrero de 1983 la cofradía del Santo Entierro pinta y decora su capilla. Las cofradías de Jesús, de la Caída y Santo Entierro celebran por última vez sus fiesta principales en este templo y en mayo del mismo año la Virgen viene a su Capilla de Santa María para recibir veneración por última vez ya que mediante oficio del Alcalde de la ciudad don Arsenio Moreno Mendoza en 18 de Julio de 1983, dirigido al entonces prior de Santa María Diego García Hidalgo, se cierra al culto por problemas de deterioro alcanzado en los elementos susténtales y la Virgen es trasladada en procesión a la iglesia de San Pedro para recibir culto y celebrar su tradicional Novena. Ingenuamente se pensó que las obras durarían un par de años, que desgraciadamente se ha multiplicado por diez. Y que en pleno año 2002, aun no se sabe la fecha de su apertura.
El 23 de Febrero de 1986 se celebró en la iglesia de la Concepción, la Primera Fiesta Principal de la Cofradía de la Virgen de Gracia, en la misma se bendijo la Imagen titular. El Lunes Santo de 1987, esta nueva Cofradía de Nazarenos Virgen de Gracia inicia su primera salida procesional desde la puerta de la Consolada de Santa María.
El día 5 de Abril de 1997 tanto la Unión de Cofradías y Agrupación Arcipestral organizan una manifestación, para reclamar la pronta apertura al culto de la Iglesia de Santa María. El Jueves Santo de 1999, la Cofradía de la Oración en el Huerto inicia su primera salida procesional desde este templo ya que sus anteriores templos fueron de salida fueron desde 1946 hasta 1979 la Capilla del Hospital de Santiago; desde 1980 hasta 1995 la Sacra Capilla del Salvador y desde 1996 hasta 1998 la Iglesia de San Pablo. En Mayo de 1999, la Unión de Cofradías, el Vicario Don José Lomas y los presidentes que de Cofradías que tienen su sede en la Parroquia de Santa María San Pablo, fundan la Asociación Cultural Amigos de Santa María, con el fin de recaudar fondos para recuperar parte del patrimonio litúrgico que la iglesia necesita, para cuando se abra al culto.
De esta clausurada iglesia Mayor, salen varios “pasos”: Nuestra Señora de Gracia el Lunes Santo por la noche. Jesús en la Oración en el Huerto y Nuestra Señora de la Esperanza en Jueves Santo por la mañana. Jesús Nazareno, Virgen de los Dolores, San Juan y La Verónica y el Cristo de la Caída y Nuestra Señora de la Amargura el Viernes Santo, por la mañana. Y el Santo Entierro de Cristo y Santo Sepulcro igualmente el Viernes Santo, por la noche y acompañado por la Procesión General.
Bonita postal de la Antigua Colegiata de Santa María de los Reales Alcázares en el año 1910; (Foto Gentileza de la Universidad de Sevilla).
